Franz Josef Stoiber spielt berühmte Orgel-Toccaten von Bach, Widor, Vierne und anderen. Seit 1996 ist er Organist am St.-Peter-Dom in Regensburg. Die neue Orgel im Regensburger Dom, die vom österreichischen Orgelbauer Rieger gebaut wurde, ist die größte freihängende Orgel der Welt.